2015年12月28日，接自治区农业厅函《关于同意广西特色作物研究院内设机构调整的批复》（桂农业人〔2015〕34号），同意我院按照精简、高效原则确定各内设机构职能和配备工作人员。

农业厅批复的内设机构调整方案为：

将原有办公室、人事科、计划财务科、科技业务科、柑桔品种研究室、柑桔栽培研究室、杂果和蔬菜研究室、植保研究室、实验室、离退休人员工作科、后勤保障科、保卫科、科盛公司等13个科室调整增设为：办公室、人事科、计划财务科、科技业务科、后勤保卫科、基地管理科、实验室、广西柑橘研究所、果树研究所、中药材研究所、蔬菜研究所、食品研究所、食用菌研究所、农产品质量标准研究所和信息研究所等15个内设机构。